中科院、首都醫(yī)科大新成果單分子測(cè)序的甲基化組分析
更新時(shí)間：2015-12-31 點(diǎn)擊次數(shù)：1177次日前，在Nucleic acid research雜志上，由中科院、首都醫(yī)科大等機(jī)構(gòu)的研究人員對(duì)MTBC進(jìn)行了深入研究。他們發(fā)現(xiàn)，單分子實(shí)時(shí)測(cè)序可以實(shí)現(xiàn)的甲基化組分析。這項(xiàng)研究說(shuō)明，SMRT平臺(tái)在甲基化組分析上很有潛力，能顯著增強(qiáng)我們對(duì)DNA MTase功能的了解。
肺結(jié)核(TB)是結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(MTBC)造成的常見(jiàn)傳染病。現(xiàn)有抗生素能夠緩解肺結(jié)核的癥狀，但治療往往持續(xù)數(shù)月而且還無(wú)法將其**，導(dǎo)致這種疾病在治療數(shù)年后頻頻復(fù)發(fā)。
中科院、首都醫(yī)科大等機(jī)構(gòu)的研究人員對(duì)MTBC進(jìn)行了深入研究。他們發(fā)現(xiàn)，單分子實(shí)時(shí)測(cè)序可以實(shí)現(xiàn)的甲基化組分析。這項(xiàng)研究發(fā)表在前不久的Nucleic acid research雜志上，文章的通訊作者是中科院北京基因組研究所的陳非和首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京胸科醫(yī)院的黃海榮。
為了全面了解MTBC的基因組甲基化，研究人員采用PacBio的單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)(SMRT)完成了12個(gè)MTBC菌株的基因組，并且分析了它們甲基化組的特征。研究人員鑒定了三個(gè)m6A序列模體及其相應(yīng)的甲基轉(zhuǎn)移酶(MTase)基因，包括已知的mamA、hsdM和新發(fā)現(xiàn)的mamB。他們還通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了HsdM和MamB的甲基化模體和功能。
研究顯示，上述12種菌的MTase活性并不相同。單分子測(cè)序可以揭示每個(gè)修飾位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，得出特定MTBC菌株的甲基化組。未修飾的位點(diǎn)大多與轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合區(qū)域重疊，這可能為這些位點(diǎn)提供了保護(hù)，使其不被甲基化。
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